Im zweiten Bauabschnitt (2008–2009, Baukosten ca. 4,5 Mio. Euro) wurden die Sanierung und der Ausbau des Gebäudeinneren in zwei Phasen fertiggestellt, um den Proben- und Spielbetrieb im Festspielhaus so wenig wie möglich zu behindern. Die erste Phase umfasste den Neubau der Decken über dem Erdgeschoss der Seitenflügel, den originalgetreuen Wiederaufbau der Dächer über den Anbauten sowie die Errichtung eines behindertengerechten Zugangs am Treppenhaus Südwest. Aufgrund des schlechten Zustandes der Bausubstanz mussten auch die Decken über dem Portikus Nord und Süd unterseitig saniert werden. 

Die zweite Phase widmete sich der Fertigstellung des Innenausbaus. Um wiederum die maximale Bespielbarkeit des Hauses zu ermöglichen, verliefen weite Teile der Bauarbeiten parallel zum Veranstaltungsbetrieb. Im Hauptsaal wurden die beim Umbau in den 1930er Jahren verschlossenen 8. Saalfenster in den Seitenwänden wieder geöffnet. Die Dachkonstruktion der Seitenflügel musste dafür zur originalen Geometrie zurückgebaut werden. 

Bis 2009 wurde der Oberlichtsaal West wiederhergestellt. Hier hatte man sich bei der Sanierung dafür entschieden, alle Farbreste und Spuren der verschiedenen Nutzungsphasen an den Wänden zu belassen. So wurden durch den Erhalt des Putzes mit Wandbildern von Nancy Spero, die Aufarbeitung originaler Holzeinbauten an Wand und Decke und durch die Ergänzung mit modernen Elementen verschiedenste Bestandteile integriert. Der Raum heißt heute „Nancy-Spero-Saal“ nach der amerikanischen Künstlerin, die 1998 an seinen Wänden ihre Darstellungen in Stempeldrucktechnik hinterließ. Spero benutzte dafür eine Art Fundus, den sie neben eigenen Zeichnungen mit Bildzitaten von Frauen aus allen Epochen der Menschheitsgeschichte bestückte. Mithilfe der Fotogravurtechnik wurden etwa 450 verschiedene Motive in diversen Größen auf Polymerstempel übertragen. Kernstück an der Stirnwand des Saales ist ein Gedicht von Bertolt Brecht aus dem Jahr 1935, die „Ballade von der Judenhure Marie Sanders“, dessen Text sich thematisch um das Abbild einer gefesselten, entblößten Frau gruppiert. Das Ensemble ist ein Kommentar auf die Gräuel des NS-Regimes. Ursprünglich erstreckten sich die Wandbilder über weite Teile des Hauses. Da sie jedoch nie für den dauerhaften Verbleib vor Ort gedacht waren, wurden sie während der Sanierungsarbeiten weitestgehend entfernt.